O Arquipélago dos Alcatrazes é
considerado um santuário ecológico na costa centro/norte do Estado de São
Paulo. Local de natureza preservada é sítio de nidificação de aves marinhas
como a Fragata e o Atobá, além de local de alimentação e descanso de diversas
espécies de aves migratórias.
O Arquipélago dos Alcatrazes é protegido por uma Estação Ecológica federal, administrada pelo Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade - ICMBio, que tem seu escritório na cidade de São Sebastião. Por ser uma Estação Ecológica, fica proibida a visitação a não ser com intenção de pesquisa pré-autorizada pelo ICMBio, através do SISBIO. Informações: www.icmbio.gov.br. Na área é proibido o fundeio pela Marinha do Brasil.
Sua área é de aproximadamente 196 hectares. Uma das curiosidades desta ilha é que a Marinha do Brasil realizava exercícios de guerra, disparando obuses contra as paredes rochosas da costa nordeste da ilha, chamada de Saco do Funil. A Marinha Brasileira interrompeu os testes em julho de 1991, e desde então a vegetação daquela parte da ilha, que estava severamente prejudicada, retornou a florescer
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